在所有的水处理中，医药行业用水的要求最为严格。因为臭氧的难控制性，过流式紫外线杀菌器的优点在医用洗手水处理上的优点被放大。医用洗手水消毒灭菌时，一般不会考虑太多电耗等成本。而着重关注杀菌效果和后续的残留等方面。
最简单的例子是：一般的自来水在水厂出厂时就已经作了消毒杀菌处理。但这种利用含氯消毒剂的水质，一方面杀菌不彻底造成了细菌的再生，一方面由于余氯过多而可能出现在医用时出现副作用的现象。因此，寻找一种无残留、快捷、高效、彻底的杀菌方式成了医学用水的首要课题。在这方面，过流式紫外线杀菌器和臭氧机双双胜出。但由于臭氧机产生臭氧与水混合方式的问题比较复杂。所以在很多人看来增加了臭氧浓度的不稳定性，同时增加了安装的成本。最后淘汰的结果就是，紫外线杀菌器是医用洗手水等附属用水杀菌消毒的最佳人选。
常见的自来水管都比较细，供水管规格在公制25-32mm之间。流量一般都不会大于20L/min。如利用蓝灵水族生产的飞利浦原装T8-30W灯管，一支足矣。但为了保证医学用水的高标准，我们可以配备两只这样的灯管，外加原装飞利浦镇流器。60W的辐照强度对于不大于1.2T/H的流量来说，杀菌率足在保证在99.9%以上。
紫外线杀菌器在消毒杀菌时最大的问题在于过流液体的浊度应有所保证。以上面的例子来说明，60W的输出功率针对1.2T/H的流量足够，但是在过流液体的浊度在2度以下这样的前提条件下。否则它的杀菌率将视情况打折。因此，最有效的办法就是在紫外线杀菌器前面串联一个物理过滤器如过滤砂缸或深层过滤砂缸。
医学上利用过流式紫外线杀菌器主要用来杀灭沙门氏菌、葡萄链球菌、大肠杆菌等。但绝对无菌的环境在现实生活中不多。而且绝对无菌环境也会使生物体对细菌失去免疫力。所以紫外线杀菌器用于医学上时，只要控制细菌的个数在一定的数量之下即可。
（葡萄链球菌）
