医院污水消毒是医院污水处理的重要工艺过程，医院污水消毒的主要目的是杀灭污水的各种致病菌，同时也可改善水质、达到国家规定的排放标准。
(1) 凡现有、新建、改建的各类医院以及其他医疗卫生机构被病原菌、病毒所污染的污水都必须进行消毒处理。
(2) 含放射性物质、重金属及其他有毒、有害物质的污水，不符合排放标准时，须进行单独处理后，方可排入医院污水处理站和城市下水道。
(3) 医院的综合排水量、小时变化系数，与医院性质、规模、设备完善程度等有关，应综合考虑。
(4) 在无实测资料时，医院每张病床每日污染物的排出量可按下列数值选用：BOD5：60g/床.d，COD：100 g/床.d～105g/床.d，悬浮物：50 g/床.d～100g/床.d。
(5) 设计处理流程应根据医院类型、污水排向、排放标准等因素确定。
当医院污水排放到有集中污水处理厂的城市下水道时，以解决生物性污染为主，采用一级处理。
当医院污水排放到地面水域时，应根据水体的用途和环境保护部门的法规与规定，对污水的生物性污染、理化性污染及有毒有害物质进行全面处理，应采用二级处理。
一级处理工艺流程
污水通过排水管汇集到污水处理站，对于粪便污水应先通过化粪池沉淀消化处理，然后进入污水处理站。处理站设有隔栅、调节池、计量池、提升泵和接触池。消毒剂通过与水泵联动或与虹吸定量池同步定量投加至待处理污水中，通过管道或专用设备充分与污水混合后，进入接触池，在接触池内污水与消毒剂经过一定时间的接触后达到水质净化和消毒要求之后，排放入城市下水道。化粪池和沉淀池产生的污泥定期进行清除和消毒处理。
二级处理工艺流程
污水的二级处理即生物处理，是利用微生物的代谢过程将污水中的有机物转化为无机物。典型的二级处理工艺流程为：污水—隔栅—调节池—初次沉淀池—生化处理—二次沉淀池—加消毒剂—接触池。常用的方法有生物转盘法、生物接触氧化法、射流曝气法、塔式生物滤池、氧化沟法等。
特殊污水的处理
来自牙科治疗和化验室的重金属废水，含汞、铬等有害污染物，可用化学沉淀法或离子交换法处理。来自同位素诊疗的放射性污水，低浓度的采用衰变池处理。来自厨房食堂的含油废水，一般采用隔油池处理。照片洗印产生的废水中含有银、显影剂、定影剂等有害物质，含银废水可采用电解法回收银，显影剂可用化学氧化法处理。
污水的消毒
医院污水消毒是医院污水处理的重要工艺过程，医院污水消毒的主要目的是杀灭污水的各种致病菌，同时也可改善水质、达到国家规定的排放标准。
污水预处理前的加氯消毒：对于传染病院和结核病院的各病区，以及综合性医院的传染病区的厕所，应按每 10 床位每日投放含有效氯25％的漂白粉 1kg，分3次～4 次投入。最佳投放时间可定在使用厕所高峰期末，投放的漂白粉随流水冲入化粪池内，并在化粪池出口处进行余氯测定。