首先，在深度处理工艺之中，应该对化学混凝剂的投加系统进行设置，使其能够有效强化下一处理流程之中污染物颗粒的去除效果，进而实现良好的胶体物质、悬浮物、病原体、磷酸盐的处理效果，一般来说，常用的混凝剂主要有铁盐、铝盐、复合药剂、石灰、聚合物等等。同时，在通过深度处理工艺的处理操作之后，若出水TP能够达到要求，则可以停止化学混凝剂的投入，正常情况下，每月的化学混凝剂投加系统应该保证运行次数在两次以上，以保证较为良好的污水处理效果。
其次，过滤处理是污水处理流程之中的重要构成部分，其可以保证在进行消毒处理之前，对胶体物质、悬浮物、病原体、磷酸盐等进行有效处理，进而强化后续消毒处理的效果，并有效降低病原微生物的活性。过滤处理的主要指标之一是浊度，虽然浊度并不能对病原体的去除程度进行有效的衡量评价，但却是消毒处理的重要控制指标之一。过滤处理的滤池可以选择双层滤料滤池、均质滤料滤池、单层滤料滤池等等，滤器可以选用全自动网式自清洗过滤器，盘式过滤器等。
最后，消毒处理同样也是基本处理流程之中的重要操作内容，其主要是对污水之中的病原体以及病原微生物进行有机的去除杀灭。现阶段，常用的消毒技术主要有臭氧消毒、氯消毒、紫外线消毒等等。