1985年以来，富于水脉、航运便利的珠三角地区，随着大量外资的涌入，以及迅速工业化和城市化，崛起成为外向型出口加工业密集的“世界工厂”，千百年来孕育广州的珠江河清澈的流通了上千年，而现代工业大发展在短短的几十年里就把曾经碧水清波变成了黑色的“墨汁”。为了政治我们曾经欠下的这笔债，珠江整治被广东、广州省市政府摆到了空前的高度，其中主要要提出，加大污染源的整治，工业废水必须达标后才可排放，尽量短的时间内实现全自动过滤器的循环水，中水的普及;加快区域内水过滤器污水处理厂的建设，使生活污水得到集中有效的处理。
珠江水污染主要有两大类：一是工业污染；一是城市生活污水。市区河涌，不少沿线河涌垃圾污水直排，河涌成为主要的排污口。珠江水的另一大污染就是城市生活污水，由于历史的原因，珠江两旁很多地方的生活污水都是直接排放到河涌然后再汇入珠江。河涌水油黑发亮，并直接流进珠江，与两岸景色极不协调。
而真正经过全自动过滤器污水厂处理的不到30%，其余的都是直接排到珠江。除了广州本身的污染外，上下游河段的污染也对广州珠江河段起着交叉感染的作用，加剧了珠江的水环境污染。
严重污染的珠江
2002年广州市政府明确提出了今年的工作重点就是“治山”、“治水”、“治村”，重现广州“云山珠水”的丰姿，并把珠江作为重中之重来治理。
自2002年广州城建的工作重点就是全自动过滤器污水治理， 投入资金18.5亿元。建成广州市中心区的四个污水分区排水，并成立了大坦沙、猎德、沥窖四个污水工程项目管理办公室。 2004年建成的猎德污水过滤器处理厂二期(22万吨／日)、大坦污水处理厂三期(22万吨／日)、沥污水处理厂一期(20万吨／日)、西朗污水处理厂一期(20万吨／日)，使广州城市污水处理能力再增加84万吨／日，城市污水处理率达到70%。并通过管网和截污工程把整个广州城区全部纳入统一的污水治理系统中来。
治理后的珠江在现“横渡珠江”
经过多年的全自动过滤器珠江污水治理，珠江水污染的局面正在得到控制，过去多年不见的鱼虾如今踪迹再现，曾经绝迹的“横渡珠江”也在06年重显，“十二五”以来，今年广州更是加大了珠江的污水治理，相信未来的珠江将会更加美丽。