我国“循环水养殖”面临的几大挑战：与国际先进水平相比，我国在淡水工厂化循环水养殖设施技术领域已具有相当的应用水平，反映在系统的循环水率、生物净化稳定性、系统辅助水体的比率等关键性能方面基本接近了国际水准;但在海水循环水养殖设施技术领域还存在着相当的差距，主要反映在生物净化系统构建、净化效率和稳定性等方面。
循环水养殖是近年来水产养殖行业取得的一项新成果，与传统水产养殖方式相比较，循环水养殖系统对水质的要求则会更高，自清洗过滤器作为一种利用滤网直接拦截水中的杂质，去除水体悬浮物、颗粒物，降低浊度，净化水质，减少系统污垢、菌藻的水处理设备，将为循环水养殖水质提供保障。
循环水养殖基础研究薄弱。循环水养殖仍简单沿用传统养殖技术，以设备系统和高密度生态环境为前提的养殖工艺技术没有形成，指导特定品种进行高效养殖生产的专家系统没有构建，致使设备系统没能发挥最大功效，也是造成系统运行成本高的因素之一。
“循环水养殖”的核心就是水体循环利用，日均水利用率在95%以上，如低于此指标，即为流水养殖。与传统养殖方式相比，具有节水、节地、高密度集约化和排放可控的特点。循环水养殖的关键在于“水质”，利用自清洗过滤器处理时具有以下优势：
1、运用循环水养殖相关技术和生态工程技术改造传统的流水养殖鳗鱼、冷水性鱼类的养殖目前主要是流水养殖方式，换水率一般为每天8～12次，自清洗过滤器高精度过滤，出水水质稳定。
2、目前对虾养殖的主要方式是池塘和高位池，养殖过程中对水质的要求、藻相的稳定有一定的要求，高位虾池自净能力较弱，沉积物的排放对环境造成直接的影响，自清洗过滤器具有对原水进行过滤并自动对滤芯进行清洗排污的功能，运用物理方法清除沉淀物，能有效保证水质不发生二次污染。
3、我国多数池塘养殖场普遍存在基础设施落后、池塘淤积严重等问题，自清洗过滤器采用国际水处理行业设备先进技术，可自动识别杂质沉积程度，给排污阀信号自动排污，将实现池塘养殖模式向可持续发展方向转变。
工厂化循环水养殖与传统养殖方式相比，具有节水、节地、高密度集约化和排放可控的特点，相信随着自清洗过滤器的配套应用，高档热带海水鱼“跳”上市民餐桌将不再是梦想。
海水生物净化系统的效率需要提高。需要研究高效的生物净化装置以减少净化设施的体量，稳定净化效果;需要在系统模型研究的基础上，建立优化的设备系统、稳定的生物净化系统、必要的数字化监控系统、完善的养殖工艺和管理专家系统，使装备系统达到高效利用状态。淡水工厂化循环水养殖系统运行成本过高。在基本模型研究的基础上，建立优化的设备系统、控制病原体侵害的水源净化设施、与生态设施相结合的生物净化系统、必要的数字化监控系统以及完善的养殖工艺和管理专家系统，使装备系统达到节能、节水、经济运行的状态。