事实上，南水北调面临的水环境问题，也是我国现阶段集中凸显的发展难题。有人担心，南水北调会不会成污水北调？ “先治污后通水”，国务院明确南水北调调水原则，绝不让污水进入调水干线。直面难题，沿线江苏、山东两省打响治污攻坚战。 江苏采取“治理—截污—导流”措施，重拳减排，提高苏北化工行业准入门槛，新建项目集中入园，高污染项目一律不能上马。山东提出“治、用、保”理念，“治”就是全过程污染防治；“用”就是全自动过滤器和紫外线杀菌器再生水资源循环利用；“保”就是生态保护和修复。工程减排有新挑战。由于管网不配套，一些地方污水收集率只有70%左右，新建全自动过滤器污水处理厂“吃不饱”，影响长期运行。另外，大多乡镇缺乏水过滤器和紫外线消毒器的污水处理厂，农村污水直接威胁水质安全。全自动清洗过滤器采用316L不锈钢烧结网，最高精度可达2微米的网式过滤器，其中精度可以根据用户不同需求选择精度和流量，水过滤器首先过滤掉污水中的颗粒性杂质，然后过滤后的水再经超声波紫外线杀菌器进行消毒处理，确保污水得到有效的治理。
未来几年内，江苏将重点安排城镇污水处理、面源污染治理等项目，既“削存量”，还要“控增量”，对重点地区实行环保区域限批。山东将大力淘汰落后产能，加快建设大生态带建设，到2012年底彻底取消环湖人工投饵网箱、围网养鱼。 南水北调东线治污是长期任务，2013年水质达标，通水后也要长期稳定达标。时下，“确保干线Ⅲ类水质”成为沿线各地政府的硬指标，随着一系列项目、措施的落实，东线自清过滤器治污体系和机制不断完善，“清水北调”的目标一定能实现。