十二五“水污染治理专项”以：重污染行业减排、城镇污水全自动过滤器处理、农业水源污染控制、饮用水安全净化为重点。专项活动启动后将实现我国湖泊、河流污染控制和城镇污水处理整装成套技术，整体提升我国流域水环境综合整治科技水平为目标。
大力推进水污染防治重点工作，确保人民群众饮用水安全和水环境治理持续改善，要重点抓好四个方面的工作。
一是加强饮用水源地保护，为供水安全提供保障。要加快饮用水源地村镇的生活污水和垃圾无害化处理设施建设，积极开展水源地周边生态农业建设和退耕还林还草，全面开展流域内城镇集中式饮用水水源地核查，并建立城市饮用水源污染应急预案。
二是统筹考虑供水全自动过滤器污水处理，紫外线杀菌器水消毒处理，加快实施水污染治理项目。推进污水处理厂和配套管网建设，抓好脱氮除磷工艺改造，污泥处理处置设施和在线健康设施建设，统筹考虑污水处理与供水、用水、节水和污水回用。加强饮用水安全保障方面，基本形成从源头到龙头全过程的工程保障技术体系和从中央到地方多层级的水质监管技术体系，全面支撑饮用水水质达到《生活饮用水卫生标准》要求，建成1个国家饮用水水质监管业务化平台，2～3个省饮用水水质监测预警应急的业务化平台，服务人口超过2亿人。
三是建立多元化投入机制，营造良好的产业政策氛围。努力筹措资金，增加政府投入；鼓励和引导金融机构加大对水污染治理项目的信贷支持；完善污水处理收费制度，适当提高标准；加大政策对水污染治理相关产业发展的支持力度。
四是加快实施水专项，切实提高科技支撑水平。环境保护部和住房城乡建设部牵头组织实施；组织各研究团队加大攻关力度，攻克核心关键技术；尽快将科研成果转化成水污染治理的先进工艺和成套设备。
据悉，“十一五”期间，“水污染治理专项”围绕“三河三湖一江一库”等重点领域，设置了6个主题、33个项目、238个课题。截至目前，已启动32个项目、230个课题。专项启动实施以来，在重污染行业减排、城镇污水处理、农业面源污染控制、饮用水安全净化、流域水质目标管理等关键领域取得了突破。
“水污染治理专项”在“十二五”期间的战略目标是，到2015年，太湖、巢湖、滇池和三峡库区等流域示范区，以控制氮、磷营养盐为重点，水质提高一个等级并消除劣Ⅴ类;辽河、海河、淮河、松花江等示范流域，以控制COD、氨氮为重点，水质消除劣Ⅴ类，生态功能局部恢复。重点示范城市的饮用水水质全面达到《生活饮用水卫生标准》要求。
十二五“水污染治理专项”的正式启动，将坚持预防为主、防治结合、综合治理的原则，优先保护饮用水水源的原则，全力推动自动清洗过滤器污水处理行业的发展。